И почти все дела по борьбе с Пугачёвским восстанием (с конца августа 1774 г.) переходят в руки этого человека.
Петербург был в радости. Петербург то и дело получал с востока обольщающие известия: главная армия мятежников разбита под крепостью Татищевой, Пугачёв из Берды бежал, Оренбург освобожден. Правительство было почти убеждено, что сила восстания сломлена, остается лишь успокоить население и переловить отдельные мятежные шайки, лишенные общей между собой связи.
Поэтому, назначая после кончины Бибикова главнокомандующим князя Щербатова, Екатерина определила ему возглавить лишь военные, действующие против Пугачёва силы, а все административные дела, в том числе и усмирение бунтующего населения, предоставить губернаторам, каждому в своей губернии.
Таким образом неограниченная власть, которою обладал Бибиков, была у нового главнокомандующего изъята. В Казани к тому времени скопилось сто семьдесят колодников-Пугачёвцев, в Оренбурге — до четырех тысяч семисот.
Нужно было торопиться снимать с них допросы. И поэтому вместо одной были образованы две секретных комиссии: одна в Казани, другая в Оренбурге.
Дополнительно отправляя в эти комиссии новых офицеров, Екатерина в своем указе, между прочим, писала, чтоб они «при допросах по тайным делам ни малейшего истязания не делали». А между тем в самой столице, охраняя престол Екатерины и не без ее, конечно, ведома, свирепствовал вовсю обер-секретарь Сената, палач «кнутобойник» Шешковский.
Уезжая из Казани в Оренбург, князь Щербатов доносил Екатерине, что в Казанской губернии «волнование народное совершенно прекращено и бывшие в предательстве — в законном повиновении находятся». Такого же мнения был и престарелый Брант.
Однако в казанских краях было не так уж спокойно, и «волнование народное», погаснув в одном месте, внезапно вспыхивало в другом. Между городами Мензелинском и Осою свободно бродили мятежники. Против них Брант отправил секунд-майора Скрипицына. Другой отряд под командой Берглина преследовал восставших башкирцев по реке Тулве. Тысячная толпа их отошла к северу и бродила по Пермской провинции, в Красноуфимске «колобродили» казаки, поджидавшие к себе Салавата Юлаева, скитавшегося с башкирцами за рекой Уфой.
Как только генерал Мансуров занял Яицкий городок, ставропольские и оренбургские калмыки с женами, детьми, скотом, в числе шестисот кибиток, бежали в сторону Башкирии на соединение с Пугачёвым. После нескольких упорных стычек с правительственными отрядами калмыки всякий раз разбегались, но снова сходились вместе. Около двух тысяч калмыков были настигнуты и разбиты на переправе через реку Ток. От полного пленения они спаслись чрез хитрость своего предводителя Дербетова. В разгаре боя он приказал зажечь степь. И вот степь заклубилась огнем и дымом. Ветер шел на солдат и казаков. Преследующий отряд стал задыхаться в дыму и пламени и вскоре, спасаясь от гибели, разбежался. Калмыки той порой перебрались через реку и пошли по самарской линии уничтожать мелкие крепости и форпосты. В конце концов высланный генералом Мансуровым из Яицкого городка значительный отряд стал преследовать Дербетова. Калмыки, спешно отступая, бросали на пути усталых лошадей, верблюдов и даже своих жен, спешили укрыться в вершинах Иргиза. Произошел бой, многие калмыки попали в полон и были отправлены в Оренбург; раненый их вождь Дербетов дорогою умер.
Тем временем князь Голицын, получив известие о бегстве Пугачёва в Башкирию, сформировал для преследования мятежников два сильных отряда — генерал-майора Фреймана и подполковника Аршеневского.
Подполковник Михельсон, освободивший Уфу и пленивший Зарубина-Чику, был застигнут в Уфе ледоходом. Он намеревался выступить к Симскому заводу, где, по его мнению, бродил Белобородов с тысячной толпой и неподалеку от него Салават Юлаев с тремя тысячами башкирцев. Михельсон рассчитывал, уничтожив эти бунтующие сборища, повернуть к Белорецкому заводу, куда будто бы направился Пугачёв.
Наступившая распутица значительно задерживала движение всех правительственных отрядов.
Военачальники Щербатов, Голицын, Мансуров и прочие, разъединенные между собой пространством, раскинув каждый на своем месте топографическую карту, судили и рядили, каждый на свой лад, куда бы выслать им воинские отряды, дабы как можно скорей и успешней окружить Пугачёва, попутно пресекая на местах волнение народное. Но беда военачальников заключалась в том, что сам Пугачёв был как бы прикрыт шапкой-невидимкой — где он, кто с ним? И военачальникам волей-неволей приходилось бороться с ветром, с пустотой, с неуловимым призраком. Одни из отрядов спешно посылались выставить заслоны на таких-то и таких-то реках, чтоб самозванец оказался в ловушке, другие отряды спешили занять те или иные населенные пункты с той же целью окружить Пугачёва, но Пугачёв в это время находился от них за сотни верст. Третьи военачальники, например, Михельсон, отыскивая затерявшийся след самозванца, тянули, попросту говоря, «верхним чутьем», как породистые собаки. Они свои действия зачастую основывали на ложных показаниях и бесплодно бросались то в одну, то в другую сторону. Вся эта, естественная в тех условиях, неразбериха была на пользу Пугачёву, позволяя ему осмотреться и усилиться.
Мы знаем, что вместе с Кинзей и остатками своего воинства Емельян Пугачёв направился из села Ташлы в Башкирию. По дороге он получил известие о занятии Уфы Михельсоном и пленении Чики-Зарубина.